Después de años de estar protegidos del mundo humano, los hermanos Tortuga se propusieron ganarse los corazones de los neoyorquinos y ser aceptados como adolescentes normales a través de actos heroicos.
Para eso, su nueva amiga April O’Neil los ayuda a enfrentarse a un misterioso sindicato del crimen, pero pronto se complica la situación cuando un ejército de mutantes se desata sobre ellos.